تنظر لجنة الانتخابات باهتمام كبير لمشاركة الأسرى الفلسطينيين في العمليات الانتخابية. وطبقاً لإجراءات اللجنة يحق للأسرى الفلسطينيين في السجون الإسرائيلية التسجيل بالإنابة والترشح بالوكالة. ولكن قانون الانتخابات يفرض الحضور الشخصي في التصويت، الأمر الذي ترفض السلطات الإسرائيلية السماح به، كما ترفض وضع ترتيبات خاصة أو فتح مراكز اقتراع في السجون، الأمر الذي يحرم آلاف الفلسطينيين المعتقلين في السجون الاسرائيلية من حقهم بالتصويت في العمليات الانتخابات.
وفي الانتخابات التشريعية الأخيرة عام 2006، أثارت لجنة الانتخابات المركزية موضوع مشاركة الأسرى ترشيحاً وتصويتاً، وطلبت السماح لطواقمها بالوصول إلى المعتقلات الإسرائيلية ووضع صناديق اقتراع داخلها، وفق ترتيبات تجري بالتعاون مع اللجنة الدولية للصليب الأحمر، خاصة بعد ترشح عدد من الأسرى في هذه الانتخابات، إلا أن سلطات الاحتلال رفضت ذلك، ولم يشارك الأسرى المرشحون بالتصويت بسبب رفض سلطات الاحتلال لأي ترتيبات بهذا الخصوص.