قامت سلطات الاحتلال باعتقال العديد من المواطنين الفلسطينيين قبيل العملية الانتخابية في محاولة للتأثير على نجاحها. من جهة أخرى، ترفض السلطات الإسرائيلية قبول أية ترتيبات للسماح للأسرى بالمشاركة في عملية الاقتراع.

من جانبها، أثارت لجنة الانتخابات المركزية موضوع مشاركة الأسرى في الانتخابات التشريعية 2006ترشيحاً وتصويتاً، إذ طلبت اللجنة السماح لطواقمها بالوصول إلى المعتقلات الإسرائيلية، ووضع صناديق اقتراع داخل السجون أو إجراء هذه الترتيبات بالتعاون مع الصليب الأحمر.

وكانت اللجنة قد عقدت لقاءً مع وزير شؤون الأسرى والمحررين، من أجل مناقشة موضوع مشاركة الأسرى في الانتخابات التشريعية المقبلة، مؤكدة على حق الأسرى في المشاركة أسوة بغيرهم من الناخبين الفلسطينيين ترشيحاً وتصويتاً، وتم الاتفاق على حث المجتمع الدولي والجانب الإسرائيلي على تقديم التسهيلات اللازمة للأسرى كي يتمكنوا من المشاركة في العملية الانتخابية.

وفي ذات الإطار، أعلن عدد من الأسرى الفلسطينيين عن ترشحهم للانتخابات التشريعية 2006 من داخل المعتقلات الإسرائيلية، في حين أن هناك أسيران فلسطينيان من أعضاء المجلس التشريعي المنتخب عام 1996 لا زالوا يقبعون خلف قضبان المعتقلات الإسرائيلية، أعلن أحدهم عن ترشحه للانتخابات التشريعية الثانية.